Bienvenue au laboratoire Joly!



Notre laboratoire cherche à comprendre la biodiversité du vivant en étudiant l'évolution des plantes. Nos recherches combinent des études de terrain, de la biologie moleculaire, ainsi que des approches analytiques et théoriques. Nous utilisons des outils de phylogénétique, de génétique des populations, de génétique quantitative et de bioinformatique afin de comprendre les processus évolutifs des plantes.

Les principaux sujets étudiés dans notre laboratoire sont l'évolution des systèmes de reproduction, l'hybridation, la spéciation et la génétique des plantes.

Nouvelles du laboratoire

Nouvelle subvention pour travailler sur l'adaptation du blé à la sécheresse

Nous sommes content de pouvoir annoncer que nous avons obtenu une subvention CSRNG Stratégique pour étudier l'adaptation du blé en condition de sécheresse. Le projet est mené par Étienne Yergeau de l'Institut Armand-Frappier (INRS) et est fait en collaboration avec la compagnie Kopert, Philippe Contant de l'INRS et Marc St-Arnaud du Jardin botanique de Montréal. Le projet évaluera principalement le potentiel du microbiote associé au blé, mais aussi de l'épigénétique, dans l'adaptation à la sécheresse.

Félinication à Marie Florence Sandrine NGO NGWE

Nous tenons à féliciter Sandrine Ngo Ngwe, qui à soutenu sa thèse de doctorat avec succès à l'été 2016, pour sa nomination comme chef de l'Herbier National du Cameroun. Bravo pour ce bel accomplissement!

Félicitation au Dr Alexandre!

Félicitation à Hermine Alexandre qui vient tout juste de soutenir sa thèse de doctorat avec succès! Hermine commence un stage post-doctoral à Bordeaux, France, en janvier 2017. Hermine, ce fût un énorme plaisir de te cotoyer pendant plus de 4 années au laboratoire! Bonne chance dans tes projets.

Quelles plantes deviendront naturalisées ou envahissantes?

Simon Joly a contriué à une étude qui vient d'être publiée dans la revue Ecology and Evolution et qui propose des modèles statistiques afin de prédire quelles plantes deviendront naturalisées ou envahissantes au Québec. Les caractéristiques des plantes ont été étudiées, mais aussi la pression de propagules avec l'aide des données de vieux catalogues, de publications scientifiques et de spécimens d'herbier. Les résultats montrent que la rusticité est importante pour qu'une plante devienne naturalisée, mais que pour devenir envahissante, les plantes doivent aussi avoir de bonnes qualités de dispersion.

Félicitation à Gonzalo!

Nous offrons toutes nos félicitations à Gonzalo qui a obtenu la prestigieuse bourse espagnole Caixa. Bravo!

Nouveau package R

Publication du nouveau package R pofadinr qui implémente les distances genpofad et matchstates, qui ont été décrites récemment et qui sont très efficaces pour estimer les distances génétiques entre individus. Elles sont particulièrement utiles pour des données génomiques (SNPs) et elles peuvent être utilisées avec des hybrides et des polyploides.

Bienvenue à Julie Faure

Le laboratoire Joly souhaite la bienvenue à Julie Faure qui entreprend un doctorat. Elle étudiera la pollinisation des Gesneriaceae Antillaises et leur impact sur l'évolution du groupe.

Diversité et évolution des ignames du Cameroun

Sandrine Ngo Ngwe vient de publier un article qui discute de la diversité et de l'évolution des ignames (Dioscorea ssp.) du Cameroun. Elle montre dans son article que les espèces sauvages ont une structure génétique plus importante que les espèces cultivées, potentiellement à cause des pratiques agricoles. De plus, elle a montré que la plupart des espèces ne sont pas monophylétiques.

Tolérance croisée chez les saules révélée par méta-transcriptomique

Cet article issu du projet GenoRem vient tout juste de paraître dans la revue BMC Plant Biology. Plusieurs membres du laboratoire ont collaboré à sa réalisation, notamment Emmanuel Gonzalez, Nicholas Brereton et Julie Marleau. L'article rapporte des travaux de métatranscriptomique (expression des gènes) de saule dans un contexte de phytorémédiation. Les résultats montrent que plusieurs gènes de saule sont différentiellement exprimés entre les traitement contaminés et non-contaminés. Mais le plus intéressant est que des gènes de plusieurs autres organismes ont aussi été isolés des tissus végétaux et sont différentiellement exprimés. C'est le cas de gènes d'araignées rouges (des acariens), qui ont infesté préférentiellement les arbres en milieu non-contaminé. Nous proposons que cela est dû à un mécanisme de tolérance croisée causé par la contamination. Cette analyse d'expression de gènes inter-règnes a été rendue possible grâce au développement d'une nouvelle approche bioinformatique qui est décrite dans l'article.

Architecture génétique des transitions de mode de pollinisation chez Rhytidophyllum

Cet article d'Hermine Alexandre publié dans PeerJ décrit les bases génétiques impliquées dans un changement de syndrome de pollinisation généraliste vers un syndrome de pollinisation spécialiste chez Rhytidophyllum. Une analyse par QTL a permis de montrer que les changements de couleurs étaient causé par un seul gène alors que les changements de forme florale sont causés par quelques gènes ayant chacun un effet modéré. Ces résultats montrent que des changement morphologiques importants peuvent être causés par un petit nombre de gènes.

Simon Joly aux Années Lumière

Simon Joly était de passage à l'émission Les Années Lumière pour parler de la perception de la musique par les plantes.

Laurent De Vriendt vient de faire le dépot final de son mémoire

Bravo à Laurent de Vriendt qui a reçu son diplôme de maîtrise de l'Université Laval! Laurent a fait une très belle contribution sur l'impact the l'isolation sur la morphologie et le fitness d'une orchidée emblématique des tourbières québécoises, la Platanthère à gorge frangée.

La corrélation entre les diversités phylogénétique et fonctionnelles sur une échèle évolutive

Ce nouvel article co-écrit avec Alain Paquette et Christian Messier étudie le lien entre les diversités phylogénétique et fonctionnelle à différentes distances évolutives.

Bienvenu Gonzalo Bilbao

Nous somme très heureux d'accueillir Gonzalo Bilbao, co-dirigé avec Anne Bruneau, qui va étudier l'évolution des syndromes de pollinisation chez Erythrina (Fabaceae).

Nouvelles recrues

Le laboratoire Joly est heureux d'accueillir Louna Fronteau et Julie Faure qui viennent faire leur stage de Master II dans notre laboratoire. Louna travaillera sur les bases génétiques de la perte de la couleur rouge chez Rhytidophyllum et Julie travaillera sur l'importance des intéractions plantes-pollinisateurs sur la distribution des plantes de Gesneria et Rhytidophyllum.

Nouvelles méthodes de distance basées sur les SNPs

Cet article publié en preprint décrit de nouvelles méthodes permettant d'estimer des distances entre individus à partir de SNPs. Elles sont particulièrement utiles en présence de variation allélique, de recombinaison et de polyploïdie. Ils sont disponibles dans le logiciel POFAD.

Voyage de récolte à Haïti

Simon Joly et François Lambert sont de retour d'Haïti où ils ont collecté plusieurs espèces de Gesneriaceae, dont Gesneria viridiflora qui a été très peu récoltée.

Article sur l'évolution par saut de niche publié

Cet article décrit une approche pour tester une radiation adaptative dans un groupe en comparant la disparité environnementale à travers le temps avec ce que l'on attend d'un modèle neutre et d'un modèle d'évolution par saut de niches. Le test est appliqué sur le genre Pachycladon en Nouvelle-Zélande qui s'est diversifié depuis 1 million d'années.

Contact

Simon Joly

Institut recherche en biologie végétale
4101 Sherbrooke East
Montréal, QC H1X 2B2
Canada

+1 514.872.0344
@simjoly
simjoly

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